濟寧市第二人民醫院肛腸科成立于2004年，其前身為中醫肛腸科，配有肛腸多功能治療儀3臺，多功能熏洗儀1臺，直乙鏡電子直腸乙狀結腸鏡等先進設備，科室配備有肛腸科疾病治療區：換藥室、熏洗室、門診日間手術治療觀察室、直乙鏡電子直腸乙狀結腸鏡室、肛周皮膚病隔離治療室等。肛腸科自成立以來，一直堅持中西醫結合的方向，發揮傳統中醫與西醫的優勢，開展各種肛門痔瘡疾病的檢查、診斷及治療。目前采用中醫中藥及手術治療便秘、肛裂、肛瘺、肛周膿腫、肛門狹窄、肛乳頭肥大、肛周濕疹、混合痔、內痔、外痔等常見疾病，有獨到經驗及治療效果，手術創傷小、痛苦輕、無后遺癥，同時手術前后配合使用中藥坐浴、熏洗、外敷等多種中醫綜合治療，診療料技術先進，療效顯著。從2017年，肛腸科積極開展全程無痛手術，以多元化，微創、微痛治愈肛腸疾病，擁有業務技術熟練、高素質、高水平的醫療服務隊伍，在診治肛腸外科常見疾病中經驗豐富，療效顯著，深得患者好評。
